主要区别有，提取不同、制作工序不同、用途不同，具体如下：　　一、提取不同　　1、小麦淀粉　　小麦淀粉是从小麦中提取淀粉。　　2、玉米淀粉　　玉米淀粉是从玉米中提取淀粉。

　　二、制作工序不同　　1、小麦淀粉　　是采用发酵法，即将小麦加水浸软、磨碎后，进行加酸发酵，使包围在淀粉颗粒周围的细胞被溶解而淀粉易于分离。　　2、玉米淀粉　　是将玉米用0.3%亚硫酸浸渍后，通过破碎、过筛、沉淀、干燥、磨细等工序而制成。

　　三、用途不同　　1、小麦淀粉　　主要应用于食品做增稠剂、胶凝剂、黏结剂、或稳定剂等，也有的用其做淀粉糖（食用糖的一种）工业上应用不多。　　2、玉米淀粉　　广泛应用于食品、工业、医药等加工制造。另外玉米淀粉也在中国菜和法国菜里用作增稠剂。中国菜里的“勾芡”（又称芡汁），一般就是用玉米淀粉加上水制成的。