官方确定
近日《某科学的超电磁炮S》的监督长井龙雪在接受某采访时某科学的超电磁炮第二季动漫，明确说明了常盘台女王食蜂操祈今后将不会在第二季动画中登场了，也就是说，漫画现在正在进行中的大霸星祭篇剧情是肯定不会有了，不过婚后光子到还仍会有机会出场。于是，第二季可能就把妹妹篇和残骸篇做了，中间再用原创拖拖剧情就要结束了？虽然之前已经可以猜想到大霸星祭篇不会在动画中出现，不过经监督这么一确认，还真是有点失望啊……莫非？！！！女王，我们第三季再见！

某科学的超电磁炮第二每集内容

原创+拼凑 很辛苦花了半个多小时啊！！！！ 还翻了视频不断确认 望楼主采纳！！！！！！！！！
第1集：
美琴作了一个关于自己幼年时提供DNA样体的梦。
美琴与黑子在街上发现有人在小巷内捡取人为散发的银行卡，引起了她们的注意。
从风纪委员177支部出来的美琴遇到捡取银行卡的佐天泪子，被她硬拉着帮忙了半天。
第2集：
与佐天分别后的美琴无意中听到一群小混混们盯上了一个到处散发银行卡高中女生，出于好奇，美琴偷偷跟过去围观。
为求财而来的小混混在一栋商用住宅内抢劫散发银行卡的高中少女，但过程中被高中少女用「寿命中断」（实际上只是言语暗示）击溃，少女之后对偷偷观战的美琴说了一些奇怪的话。
第3集：
为了弄清楚真相的美琴透过黑客手段了解到这名少女的资料：长点上机学校三年级学生布束砥信。
为了彻底解开布束砥信谈论自己的传闻，美琴利用调查来的资料半夜潜入樋口制药•第七药学研究院调查与自己有关的传闻真相。
潜入研究院的美琴在电脑内发现与自己有关的「量产能力者实验计划」已被冻结，放心的离开后，某位“妹妹”出现并将研究资料全部删除。
第4集：
一位御坂妹妹诞生，最终进入外部实验。暑假，御坂和初春佐天泪子黑子等在超市逛，买了很多东西。回去的路上御坂和第一季某集中的小朋友相遇 被迫和他们一起玩。中途花了很大力气在扭蛋机中获取呱太勋章。御坂在送走小朋友途中感到了自己克隆人的气息，拼命追寻，最终和妹妹（9982号）偶遇，御坂非常震惊。
第5集：
从两人谈话的中美琴得知某个「实验」的存在以及一个「暗号」，有些疑惑的美琴无法套出更多有用的信息，只好带着妹妹（9982号）游玩了半天。
两人分别后，妹妹（9982号）在小巷内与某位白发少年见面。
（21：00——），第九九八二次实验正式开始。
美琴通过初春的帮忙解开「暗号」，并得知了「绝对能力进化实验」的存在。
赶来的美琴在实验现场目睹妹妹（9982号）被白发少年杀害。
第6集：
悲愤之余的美琴向那位白发少年发起攻击。白发少年的能力使美琴的攻击全部无效，连必杀技「超电磁炮」的攻击都被反射。在白发少年发动攻击前，大批妹妹赶来并阻止了两人继续战斗，白发少年受到警告后离开。离开时，白发少年向美琴告知了自己的名字：一方通行。
美琴与布束砥信再次见面，表明自己不会就此屈服的决心。回到学校后美琴她没有说任何关于事件的话，但在大家面前反应不太寻常，却受到大家鼓励。
第7集：
之后美琴大肆破坏与「绝对能力进化计划」有关联的研究设施。黑子很放心不下美琴，开始在附近巡查。结果冒出了很多的许愿卡。后来黑子和一个小朋友发生争执但后来得知原因后，学姐和黑子帮助小朋友找到有四片叶子的三叶草作为礼物送给小朋友的好朋友。
第8集：
破坏活动引起了实验计划高层的关注，实验高层决定雇佣暗部「道具（ITEM）」来进行防御。
「道具（ITEM）」成员之一的弗兰达在[水穗机构病理解析研究所]埋伏潜入的“破坏者”美琴（为了一半的佣金擅自提前行动），遭到美琴的反制，两人追逐至一个封闭的空间内。
布束砥信被邀请来到了「S制药公司脑神经应用分析所」（与「实验」有关的一处研究所），发现研究人员正在将所有的研究资料进行转移。
在弗兰达的爆破技巧以及欺骗战术的压制下，美琴的能力被迫封锁，遭受弗兰达的打压，但最后还是化险为夷。
正准备审问弗拉达的美琴被赶来的「道具（ITEM）」另外两人：麦野沈利以及泷壶理后逼退到通风管道内。
第9集：
在实验地另一处的布束砥信正准备趁乱进行妨碍「实验」的工作，被早已埋伏好的「道具（ITEM）」成员娟旗 最爱捕获，布束砥信以后的下落不明。
在麦野沈利以及滝壶理后的双重配合之下，美琴渐渐被逼入绝境。

第10集：察觉了美琴真实身份的麦野在虚荣心的驱使下，支走了弗兰达以及泷壶理后两人，自己独自留下来想击败美琴。美琴依靠弗兰达遗留下来的人偶炸弹以及陷阱，将处于绝对优势的麦野沈利击退，并在成功摧毁了设施内部的电脑后逃脱。留下来的麦野从逃脱的研究员那里抢来了[绝对能力进化实验计划]的资料，得知了该实验的全貌。
御坂美琴一大早就潜入「S制药公司脑神经应用分析所」内，但发现里面空无一人，因而乐观的以为实验因为她的妨碍被暂停了，松了一口气。

第11集：在公园的上条购买饮料的两千日元（纸币）被自动贩卖机吞掉，而在此时路过的美琴则使用能力帮忙，却反而拉响了警报。
上条先后认识了白井黑子以及美琴的“妹妹”（不知道是哪号=-=）两人。
拉走「妹妹」离开的美琴因为无法阻止实验而自责，并且对「妹妹」乱发了一通脾气，两人分别。这集中还展现了一方通行为什么又是如何加入[绝对能力进化实验计划]的。
第12集：
美琴前往了学院都市二十三学区[宇宙开发区域]，潜入了「树状图的设计者情报收发中心」，发现里面已经因为「树状图的设计者」被摧毁而空无一人。
上条当麻又再遇了御坂妹妹（上集的那位）在她的逼迫下不得不收养一只黑猫，在上条去购买关于养猫的书的时候，远处一方通行看到了书店外的御坂妹妹，但此时御坂10032号出现，说这次实验的对象是她，不是站在书店外的那个。但不知道为什么书店外的妹妹不久后也不见了。